Ubistvo je poslije propasti Hadži Prodanove bune naredio Sulejman-paša. Na zboru u Orašcu 1804. godine Glavaš je odbio da predvodi Prvi srpski ustanak i na njegov prijedlog za vožda je izabran Đorđe Petrović Karađorđe. Glavaševo herojstvo u boju na Deligradu, u oslobađanju Prokuplja, opsadi Beograda i drugim bitkama opjevano je u narodnim pjesmama, a Đura Jakšić je napisao istorijsku dramu o njemu.
Glavaš je, zbog svoje hajdučke prošlosti, učešća u Prvom srpskom ustanku i popularnosti među narodom, stalno bio pod pratnjom ljudi Sulejman-paše Skopljaka.
Turci su na Sretenje 15. februara 1815. godine ubili Glavaša, iskasapili njegovo tijelo i odsjekli mu glavu u selu Baničina pored Smederevske Palanke. Prvobitno je bio sahranjen u blizini mjesta pogibije, u jednoj jaruzi pored puta.
Glavu su Turci odnijeli Sulejman-paši na uvid, poslije čega je dugo stajala okačena na čengel ispred Stambol kapije, a zatim je nestala, da bi se kasnije pojavila sahranjena sa tijelom.
Postoje dvije verzije priče o tome kako je Glavaševa glava dospjela do groba: prema prvoj, glavu je krišom noću skinula njegova polusestra Marija iz Dubone, a prema drugoj otkupila ju je njegova sestra Stana od jednog Turčina. Baničanci su 1902. godine osnovali Odbor za podizanje spomenika Stanoju Glavašu, da bi mu potom podigli kamenu grobnicu u dvorištu Crkve Svetog arhangela Gavrila.